99年我还上初中，依稀记得鲁能一轮5:0战胜武汉，所有人聚在场边等待北京和辽宁的战果，好久以后才有庆祝。而足协杯更是依靠罗梅多开挂的表演战胜大连逆转夺冠。
06年我已经读大学，那一年鲁能横扫中超，提前6轮夺冠。那时候的鲁能强到什么程度根本无法想象，所有球队跟鲁能的战术就是摆大巴，少输几个球。沈阳金德赛前喊出口号要跟鲁能对攻，结果被灌7球。那一年我们大学一堆人，就数郑智拿球后会有几次失误，结果有好多次比赛竟然都是零失误，更别提还有日科夫，李金羽，韩鹏。当然那一年也是体系比较流畅，赶上北京，上海低迷，天时地利人和吧。虽然有可能不如现在的，但肯定强过99年的鲁能。
999年，鲁能泰山夺得了甲A历的第一个双冠王，鲁能当时的阵容并不是中超最强，鲁能在联赛一轮，靠着北京国安高雷雷的进球逼平了辽小虎，才惊险夺冠。足协杯也是靠着罗麦多的帽子戏法，3:2险胜大连实德。
2006年的鲁能泰山是真正的强者风范，提前6轮夺冠，并打破中超联赛多项记录。李金羽和郑智也分别拿下联赛金靴，银靴。
要说99的阵容后防线确实给力，整个赛季仅仅失掉3个球，门将萨沙的功不可没，这是比06年鲁能强的一个点，后防线3456号，王超，郝伟，舒畅，李明。和06年鲁能的后防比起来，郝伟和李明，换成了巴辛，矫喆。王超和舒畅一直在阵中。应该说巴辛和矫喆要比郝伟和李明强。
99年鲁能的中场是邵延杰，宋黎辉，巴力斯塔，李宵鹏，和06赛季的周海滨，崔鹏，郑智，日科夫比起来旗鼓相当吧，邵延杰老队长以防守为主，功能和高尧差不多。
锋线上99年宿茂臻，罗麦多和06年的李金羽，韩鹏相比，罗麦多那个赛季的整体表现并不出色，没法跟06年的“鹏羽组合相比。
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首先回应问题，虽然这个问题有点关公战秦琼的意思，但是明显06年的山东鲁能要强于99年！
999山东鲁能创纪录的获得了中国足球联赛和足协杯赛双项冠，而时任主帅桑特拉奇更是被称为是神奇主帅，那一年山东鲁能夺冠有着天时地利人和的所有特点！那会儿本来处于的大连足球在遭遇了万达和实德转换期，成绩有所动荡！那一年山东鲁能在一轮其实还是辽宁队保持，然而一轮北京国安由高雷雷的进球逼平了对手，山东鲁能才时刻反超了辽宁，那一年山东鲁能26场比赛仅仅丢了3球，是不折不扣的防守反击赢家！
2006年，图巴科维奇带领山东鲁能可以说统治获得了联赛和杯赛冠，而且幅度很大！也是在图巴的代领下山东足球完成了从防守起家到攻势足球的转换！李金羽 郑智 韩鹏的三叉戟可以说是光芒闪耀，中场日科夫 周海滨 崔鹏 高尧等也是发挥完美！后防线上巴辛是绝对核心，而王超 舒畅 矫哲 李雷雷也是国字号防线！
对比99与06的山东鲁能，前锋线 中场 后卫可以说都是06年的山东鲁能更强一些，不过99年门将萨沙的实力绝对比李雷雷强很多，也正是萨沙的强势发挥才让足协下定决心限制外籍门将！总体来说还是06年的山东鲁能实力更强，联赛提前六轮夺冠就是很好的证明！
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当然是06年最强势了！锋线上李金羽，中场郑智 日科夫，后防线上巴辛……，在当时的中超都是神一般的存在，当年大羽和郑智包揽了中超的金银靴。99年那套阵容根本就没发比，夺冠实属侥幸，亚冠比赛的时候就原形毕露了。
994年首届甲A联赛，山东泰山队0胜4平8负位列所有2支球队的第5名。
995年，山东泰山队6胜9平7负位列第6,但是在同年的首届足协杯比赛中，泰山队在的决赛中击败上海申花获得首届足协杯冠，这同时也是山东足球职业化后冠奖杯。
996年，山东泰山队8胜7平7负位居甲A联赛第5。
9年，泰山队7胜7平8负取得第5，不过在宿茂臻的带领下，山东队获得八运会男足冠。998年，鲁能队8胜8平0负仅取得联赛第7。
999年鲁能队以3胜9平4负的成绩后来居上超过辽宁队取得甲A联赛冠，同年，鲁能队再接再厉一举拿下足协杯冠，成为中国足球场“双冠王”。
2000年卫冕冠鲁能队仅取得胜5平0负的成绩名列第5。200年，鲁能队状态回升，4胜6平6负取得甲A季。
2002年，鲁能队4胜3平负名列第4。
2003年，鲁能队成绩大幅度下滑，8胜8平2负仅仅位列5支球队的倒数第4名。
2004年，鲁能0胜6平6负的成绩取得中超亚，在足协杯和中超杯中鲁能队更是一举拿下杯上“双冠王”。
2005年，鲁能队中超联赛5胜7平4负取得第3。
